Pri ženskah mlajših od 45 let, prezgodnja atrofija jajčnikov označuje konec ovulacije in krčenje jajčnikov. Nastane zgodnja menopavza (menopausa praecox), za nastanek katere jasnih razlogov ne poznamo.
Zgodnjo menopavzo lahko povzroči podhranjenost, oz. motnje s prehranjevanjem, ki jih povzroča stradanje, nastopi pa lahko po zdravljenju malignih obolenj s pomočjo kemoterapije.
Atrofijo lahko povzročijo tudi nekatere avtoimune bolezni, ki prizadenejo druge žleze, npr. Addisonova bolezen, ali Hashimotova bolezen. V tem primeru pred atrofijo nastopi avtoimuna vnetna reakcija.