Bakterijska vaginoza je stanje porušenega ravnovesja v bakterijski sestavi nožnice. Za to stanje je značilna odsotnost ali močna razredčenost mlečnokislinskih bakterij v nožnici, ki v normalnih okoliščinah skrbijo za kisel pH in s tem preprečujejo naselitev ter prevlado drugih bakterij. Pomanjkanje laktobacilov omogoča drugim bakterijam, da se razrastejo in namnožijo, in pri bakterijski vaginozi so to večinoma bakterije, ki živijo brez kisika (anaerobi). Te bakterije izločke nožnice razkrajajo v različne gnilobne produkte (putrescin, kadaverin ipd.), ki močno zaudarjajo po razpadajočem in gnilem, po ribah in najrazličnejših drugih neprijetnih vonjavah. Stanje načeloma ni nevarno, je pa zelo neprijetno, ker ga z nobenimi higienskimi prijemi ni mogoče odpraviti, temveč ga lahko saniramo le tako, da ponovno vzpostavimo stanje prisotnosti in prevlade mlečnokislinskih bakterij (laktobacilov acidofilus). To dosežemo na dva možna načina: bodisi z masivnim dodajanjem mlečnokislinskih bakterij v različnih farmacevtskih ali prehrambnih proizvodih (probiotični jogurt) ali pa z antibiotikom, ki je usmerjen proti anaerobnim bakterijam (klindamicin, metronidazol).
Če bakterijske vaginoze ne zdravimo, lahko pride do prezgodnjega poroda ali prenizke teže novorojenčka. Zaradi bakterijske vaginoze lahko pride tudi do vnetja maternice po porodu. Prav tako je pri ženski z bakterijsko vaginozo večje tveganje za vnetje organov v medenici ob prisotnosti klamidije ter za zaplete po ginekoloških operacijah.