Embrii se pri temperaturi -196°C instantno zamrznejo v nekaj sekundah. Le s stalnim strogim nadzorom zamrznitve in odmrznitve lahko preprečimo poškodbe ali izgubo embriov. Embrii se shranjujejo v posebnih laboratorijskih posodicah, ki so shranjene v tekočem dušiku. Na vsaki posodici je označeno poreklo, faza diobe v kateri se nahaja in seveda datum zamrznitve.
Zamrznjene embrie se ohrani vse dokler se par ne odloči za ponovno oploditev. Odmrznitev ponovno poteka pod strogim strokovnim nadzorom, dobro pa je vedeti, da vsi embrii procesa zamrznitve in odmrznitve ne preživijo. Skupaj v obeh postopkih, torej pri zamrznitvi in odmrznitvi, izgubimo približno 20 – 30% embriov.